Ik ben een moleculair ecoloog met een sterke interesse in biodiversiteit. In mijn onderzoek gebruik ik een combinatie van ecologische en moleculaire methoden om te begrijpen hoe stressoren van invloed zijn op alle niveaus van biodiversiteit, van ecosystemen tot genen. Ik ben vooral geïnteresseerd in hoe biodiversiteit verandert langs ecologische gradiënten en ik gebruik genetische informatie die is verkregen door middel van barcodering, metabarcodering en metagenomische sequentiebepaling om de diversiteit van soorten en gemeenschappen af te leiden.
Keywords
Moleculaire ecologie, Metabarcoding, Metagenomics, Biomonitoring, Gemeenschappen, Stress reactie, Ecologische gradiënten
Keypublications
- Macher, J.N., Prazeres, M., Taudien, S., Jompa, J., Sadekov, A., Renema, W. (2021). Integrating morphology and metagenomics to understand taxonomic variability of Amphisorus (Foraminifera, Miliolida) from Western Australia and Indonesia. Plos one 16 (1), e0244616
- Macher, J.N., Drakou, K., Papatheodoulou, A., van Der Hoorn, Vasquez, M. (2020) The mitochondrial genomes of 11 aquatic macroinvertebrate species from Cyprus. Metabarcoding and Metagenomics 4, e58259
- Macher, J.N., Speksnijder, A., Choo, L.Q., van Der Hoorn, B., Renema, W. (2019). Uncovering bacterial and functional diversity in macroinvertebrate mitochondrial-metagenomic datasets by differential centrifugation. Scientific reports 9 (1), 1-9
- Macher, J. N., Vivancos, A., Piggott, J. J., Centeno, F. C., Matthaei, C. D., & Leese, F. (2018). Comparison of environmental DNA and bulk‐sample metabarcoding using highly degenerate cytochrome c oxidase I primers. Molecular ecology resources, 18(6), 1456-1468.
- Macher, J. N., Zizka, V. M. A., Weigand, A. M., & Leese, F. (2018). A simple centrifugation protocol for metagenomic studies increases mitochondrial DNA yield by two orders of magnitude. Methods in Ecology and Evolution, 9(4), 1070-1074.
- Weigand, A. M., & Macher, J. N. (2018). A DNA metabarcoding protocol for hyporheic freshwater meiofauna: Evaluating highly degenerate COI primers and replication strategy. Metabarcoding and Metagenomics, 2, e26869.
- Macher, J. N., Salis, R. K., Blakemore, K. S., Tollrian, R., Matthaei, C. D., & Leese, F. (2016). Multiple-stressor effects on stream invertebrates: DNA barcoding reveals contrasting responses of cryptic mayfly species. Ecological Indicators, 61, 159-169.
- Macher, J. N., Rozenberg, A., Pauls, S. U., Tollrian, R., Wagner, R., & Leese, F. (2015). Assessing the phylogeographic history of the montane caddisfly Thremma gallicum using mitochondrial and restriction‐site‐associated DNA (RAD) markers. Ecology and evolution, 5(3), 648-662.