Herbarium collecties bevatten planten van over de hele wereld die de afgelopen drie eeuwen zijn verzameld. Ik ben geïnteresseerd om meer informatie over deze specimen te verzamelen door middel van DNA-onderzoek. Tijdens mijn postdoctorale werk zal ik mij specifiek richten op de Nederlandse flora.
Trefwoorden
DNA barcoderen, Nederlandse flora, hybridisatie, ITS, matK, fylogenetica
Onderzoeksinteresse
De Nederlandse flora omvat ongeveer 1500 soorten vaatplanten, die 136 plantenfamilies vertegenwoordigen. Met de Heukel's Flora kun je de meeste Nederlandse planten identificeren door te kijken naar hun morfologische kenmerken.
Wij maken een DNA-barcode-referentiebibliotheek voor de Nederlandse Flora. Een DNA-barcode is een klein stukje DNA waarmee we soorten kunnen identificeren. Er moet voldoende variatie zijn om onderscheid te maken tussen soorten, maar niet te veel zodat er geen verschil is tussen individuen. Binnen de Nederlandse Flora zijn verschillende plantengroepen die niet eenvoudig te identificeren zijn met behulp van DNA-barcodes. Wij gaan dit verder te onderzoeken.
Huidigonderwerp
Om alle meercellige organismen in Nederland te identificeren en monitoren is bij Naturalis het project Authoritative and Rapid Identification System for Essential biodiversity information (ARISE) opgezet. Binnen dit project richt het deelproject “DNA-barcoderen van de Nederlandse Flora” zich op het bouwen van een DNA-barcode-bibliotheek van de Nederlandse flora. Met deze DNA-bibliotheek kan planten DNA verkregen tijdens metabarcode-projecten worden geïdentificeerd.
Er bestaat niet één standaard DNA-barcode waarmee alle vaatplanten kunnen worden geïdentificeerd. Tot nu toe zijn voor een groot deel van de Nederlandse flora de Internal Transcribed Spacer (ITS) en het chloroplast maturase K-gen (matK) verkregen. Voor elke soort zijn drie individuen uit verschillende populaties in heel Nederland verzameld, bemonsterd en gesequenced. Het verzamelen en bemonsteren is uitgevoerd door vrijwilligers, gecoördineerd door FLORON, de Nederlandse Stichting Floristisch Onderzoek. Dit lopende project creëert de mogelijkheid om te onderzoeken welke DNA-markers een betere resolutie geven voor specifieke plantengroepen, terwijl we er ondertussen voor zorgen dat alle Nederlandse vaatplanten worden toegevoegd aan de referentiebibliotheek.
Meer informatie
ARISE: Nederlandse soorten kennen en herkennen
Flora van Nederland
Supervisie
Bachelor onderzoeksproject:
Zoeken naar een nieuwe soort voor Nederland binnen het planten genus Ficaria (Ranunculaceae) of mogelijke hybride tussen F. verna en F. ambigua doormiddel van morphologische kenmerken en DNA-barcoderen.
Educatie
Flora en Fauna excursie week voor de 1e jaars studenten van de Universiteit Leiden.
