Ik ben docent moleculaire biologie en biochemie aan de Hogeschool Leiden en ben geïnteresseerd in de fascinerende vakgebieden paleobiologie, bioarcheologie en paleoproteomics. DNA-werk aan zeer oude fossielen is onmogelijk vanwege de intrinsieke halfwaardetijd van DNA-moleculen. Eiwitten hebben echter de neiging om onder bepaalde omstandigheden zeer goed bewaard te blijven. Door het gebruik van massaspectrometrie haal ik, met behulp van studenten, proteomische spectra op uit verschillende fossielen.
Keywords
Botten, fossielen, massaspectrometrie, proteomica
Researchinterest
Natuurhistorische musea herbergen kostbare collecties van biologische materialen uit de oudheid. Fossiele botten bevatten moleculen die informatie kunnen onthullen over het leven op aarde in de tijd dat het organisme leefde. Met behulp van hoogtechnologische methoden zoals massaspectrometrie en sequencing kunnen we deze moleculen nu lezen en waardevolle informatie verkrijgen die voor het blote oog verborgen is.
Door chemische methoden toe te passen, kunnen we moleculen uit oude materialen halen. Na extractie kunnen we met geavanceerde methoden, zoals massaspectrometrie, precies bepalen welke eiwitten in de geïsoleerde monsters aanwezig waren. We weten nu dat DNA kan worden teruggevonden uit materialen tot een miljoen jaar oud. Eiwitten kunnen echter uit nog oudere monsters worden geïsoleerd, waardoor we nog dieper in de geschiedenis van het leven op aarde kunnen kijken. Net als bij DNA kunnen we organismen identificeren en classificeren op basis van eiwitsequenties.
Currenttopics
Haplotypering van lynxbotten van archeologische opgravingen.
DNA-barcodering van paddenstoelen - educatief project.
Keypublications
- Horn I.R., Kenens Y., Palmblad N.M., Van der Plas-Duivesteijn S.J., Langeveld B.W., Meijer H.J.M., Dalebout H., Marissen R.J., Fischer A., Florens F.B.V., Niemann J., Rijsdijk K.F., Schulp A.S., Laros J.F.J., Gravendeel B. 2019. Palaeoproteomics of bird bones for taxonomic classification. Zoological Journal of the Linnean Society 186: 650-665.
Teachingactivities
Proteomics college en practica in MSc cursus Genomic Architecture aan de Universiteit Leiden.
Proteomics en Big Data cursussen in BSc opleiding biologie aan de Hogeschool Leiden.
CBD trainings http://cbd.hsleiden.nl
