De vissencollectie van Naturalis bestaat uit zo’n 200.000 geregistreerde objecten maar bevat vele malen meer specimens. Deze collectie bevat een groot aantal (meer dan 5000) type-exemplaren, met name van Bleeker, Weber, Von Siebold, Nijssen en Insbrücker en in de Cichliden- en Barbelencollectie. Geografisch gezien is de collectie met name gericht op Nederland, Europa, Zuid-Oos Azië, met name Indonesië en Japan, Afrika, met name Ethiopië en Tanzania en Suriname. De collectie bestaat uit de voormalige RMNH collectie en de voormalige ZMA collectie en wordt nog steeds veelvuldig bezocht door wetenschappers uit de hele wereld.
Hoogtepunten
De vissencollectie bevat veel bijzondere deelcollecties en topstukken zoals bijvoorbeeld de collectie Bleeker uit Indonesië, met vele type-exemplaren. De collectie Japanse vissen van Philipp von Siebold (deze collectie omvat ook tekeningen van Kawara Keiga). Met name Japanse wetenschappers ontdekken nog steeds nieuwe soorten in deze collectie. Beroemde evolutiebiologische collecties zijn verzameling cichliden uit het Victoriameer van meer dan 20.000 exemplaren, en de barbelen uit het Tana-meer. Bioloog Max Weber was rond de vorige eeuwwisseling directeur van het Zoölogisch Museum Amsterdam, en verzamelde bij de Siboga-Expeditie meer dan 2000 soorten vissen. Ook uit het ZMA komt de collectie Nijssen/Isbrücker, afkomstig uit Zuid-Amerika.
Topstukken
Naturalis heeft een omvangrijke collectie haaien- en roggeneieren, die onder meer is gebruikt voor het project Automatische beeldherkenning als instrument voor museumcollecties. In de collectie hebben we ongeveer 300 diepzeevissen die gevangen zijn tijdens de jaarlijkse Blauwe Wijting Survey. De Mola tecta uit de zaal LiveScience is één van de twee exemplaren die ooit op het Noordelijk Halfrond is gevonden. Naturalis bezit ook een exemplaar van de beroemde Coelacanth.