Naturalis gaat de komende jaren een innovatieve onderzoeksinfrastructuur bouwen, speciaal gericht op het grootschalig in kaart brengen en monitoren van biodiversiteit met behulp van environmental DNA (eDNA) in bodem, water en luchtmonsters. Waar Naturalis met het project ARISE een genetische vingerafdruk identificeert voor alle meercellige Nederlandse soorten, zal eDentity deze opgebouwde referentiedatabase inzetten om alle soorten in Nederland in kaart te brengen en te monitoren. Het doel is om in 2028 een onderzoeksinfrastructuur op te leveren waarmee honderdduizenden samples met gestandaardiseerde procedures geanalyseerd kunnen worden, een primeur voor zowel Nederland als wereldwijd. Met eDentity gaat Naturalis de staat van de natuur beter in kaart brengen dan ooit!
De planningvan eDentity
In 2028 leveren we een onderzoeksinfrastructuur op waarmee grote hoeveelheden eDNA samples met gestandaardiseerde procedures geanalyseerd kunnen worden. De infrastructuur is in staat om alle stappen van het analyseproces te kunnen faciliteren; van sampling tot en met data-analyse, data interpretatie en rapportage. De data voldoen aan vooraf vastgestelde kwaliteitseisen, we hanteren een snelle doorlooptijd en de eDNA metabarcodingfaciliteit is in staat, met een minimale uitvaltijd, zeer hoge aantallen samples te verwerken.
De fasering van het project is als volgt:
- Voorbereidende fase (huidige fase):
Vertalen van de strategie in werkprocessen en het inrichten van de teams. - Implementatie (2024-2025):
Plaatsing en validatie apparatuur, vaststellen protocollen en procedures en het opzetten van de data infrastructuur. - Opbouw referentiedatabase (2025-2028):
Samples ophalen vanuit onze partners en het uitvoeren ter beschikking stellen van 300.000 analyses, verspreid over Nederland. - Oplevering faciliteit (2028):
Oplevering en uitrol van de nationale faciliteit voor metabarcoding.
We zijn op zoeknaar partners
300.000 samples verzamelen is een flinke uitdaging! Na de zomer van 2024 gaan we dan ook op zoek naar samenwerkingspartners die, net als Naturalis, de behoefte hebben om grootschalig biodiversiteitsonderzoek uit te (laten) voeren. In eerste instantie gaan we het gesprek aan met overheden, uitvoeringsorganisaties en terreinbeheerders met lopende monitoringsprogramma’s. Als je graag op de hoogte wordt gehouden over dit project, neem dan vooral contact op!
Zet me op jullie mailinglijst!
Alle levende wezens bevatten DNA. De technieken om dat DNA op te sporen zijn tegenwoordig enorm gevoelig. Een buisje water bevat DNA van de vissen die erin leven, een schepje grond bevat DNA van de schimmels die er in aanwezig zijn, en zo zijn er nog veel meer voorbeelden. Omgevings-DNA, noemen biologen dat, of eDNA, met de ‘e’ van environmental.
Veelgesteldevragen
Wat gaat eDentity ons leveren?
Met eDentity kunnen de we soortensamenstelling van een aantal grote taxonomische groepen, zoals schimmels en geleedpotigen in environmental samples vaststellen. Door meerdere samples op verschillende plaatsen en tijdstippen te nemen kunnen we de soortensamenstelling in ruimte en tijd met elkaar vergelijken. Zo kunnen we lokale en landelijke soortensamenstelling visualiseren en kwantificeren op de kaart van Nederland.
Wat gaat eDentity niet doen?
Omdat we binnen eDentity gebruik maken van een klein beetje bodem of lucht kunnen we geen 100% zekerheid geven over de aanwezigheid of afwezigheid van een soort. Om dit zogenaamde sampling effect te minimaliseren proberen we meerdere samples in een bepaald gebied af te nemen, op verschillende tijdstippen. De metabarcoding technologie kan ook niets zeggen over de absolute hoeveelheid individuen van een soort in een environmental sample of de functies van soorten in het ecosysteem.
Wat hebben we aan een nieuwe infrastructuur als we maar ongeveer de helft van de soorten op naam kunnen brengen door middel van DNA analyse?
Naturalis is op dagelijkse basis druk met het uitbreiden van de DNA referentiedatabase van Nederlandse (eukaryote) soorten. Dit doen we met ARISE maar ook met onze omvangrijke natuurhistorische referentiecollectie waarin veel Nederlandse soorten zijn opgenomen. Maar ook de soorten die we niet op naam kunnen brengen, zullen we met deze infrastructuur kunnen monitoren.
Maar jullie kijken alleen naar eukaryote soorten? Die zijn in de minderheid!
Dat klopt. eDentity richt zich vooralsnog niet op analyse van bacteriën en virussen. Andere instituten, zoals het RIVM, gebruiken metabarcoding voor het analyseren van deze groepen. De data die zowel Naturalis als het RIVM genereren zijn daarin complementair.
Dit project is te gek! Kunnen we een citizen science project samen draaien?
Nee, helaas!
Maar…
Citizen science projecten vinden we fantastisch, maar we richten ons de komende jaren op de grootschalige opbouw van een referentiedatabase. Werken volgens gestandaardiseerde (sampling) protocollen is hiervoor van groot belang. We hopen in de toekomst mogelijkheden te ontwikkelen voor citizen science initiatieven.
Wat als ik voor Naturalis wil werken aan dit project?
Deze pagina wordt onregelmatig geupdated. Voor vacatures kun je kijken op onze vacaturepagina (NL/ENG).
Hoe wordt de referentiedata beschikbaar gemaakt?
De beoogde 300.000 analyses zullen openlijk, via de FAIR principes, gepubliceerd worden op een nog vorm te geven platform. Hou onze website in de gaten..