Donderdag 24 maart om 13:00 uur verdedigt Le Qin Choo haar proefschrift genaamd ‘Genomic variability and population structure in shelled pteropods’ in de Agnietenkapel te Amsterdam. Voor haar PhD-onderzoek bij Naturalis en de Universiteit van Amsterdam, onderzocht ze de populatiestructuur en de hoeveelheid variatie pteropoden hebben binnen hun soort.
Uniekeervaringen
Tijdens een expeditie van 25 dagen op zee, stond Le Qin bijna elke ochtend om 2 uur ‘s nachts op om planktonnetten in de zee te hangen. Ze verzamelde pteropodmonsters in het donker, omdat pteropoden ‘s nachts naar de oppervlakte komen om te eten. Ze analyseerde de verzamelde monsters in een lab in Noorwegen, waar ze werkten aan een nieuwe techniek om naar de verschillende stukken van het genoom te kijken. ‘Ik ben erg trots dat we deze techniek, waarmee we naar hun genoombrede variatie keken, hebben toegepast, omdat dit nog niet eerder in pteropoden is gedaan. Nu hebben we veel informatie over deze soort’, vult Le Qin aan. Ze heeft deze ervaringen opgedaan tijdens haar PhD op de afdeling Plankton Diversiteit en Evolutie bij Naturalis, waar ze genoomvariaties van pteropoden onderzocht.
Passievoor slakken
Le Qin groeide op in Singapore en ging daar vaak met haar zus naar het strand, waar ze slakken van rotsen plukten en met krabbetjes speelden. Hier begon haar interesse in slakken, en het werd alleen maar groter toen ze in het lab ging werkten aan getijdenslakken toen ze op de middelbare school zat. 'Ik vind slakken echt schattige organismen,' zegt Le Qin, 'vanwege hun kleine schelpen en hun kleine ogen. Het zijn zulke aandoenlijke beestjes.'
Na haar masterstage over slakken, werkte ze bij het marine lab in Singapore. Hier wachtte ze op de perfecte PhD-positie. ‘Op een gegeven moment kreeg ik van mijn master begeleider een e-mail over een PhD-positie. Ik dacht: “Het gaat over slakken, het gaat over wereldwijde klimaatverandering, hier ga ik voor!” Dus ik solliciteerde voor die positie en nu sta ik hier’, zegt Le Qin enthousiast.
Wist je dat je de eerste p in pteropoden niet uitspreekt?
Zo kun je het onthouden:
“Why can't you hear pteropods urinate?”
“Because the p is silent.”
Zeevlinders
Pteropoden worden ook wel zeevlinders genoemd, vanwege de manier waarop ze door het water fladderen. Het zijn belangrijke planktonische organismen, omdat ze aan de basis van de mariene voedselketen staan. Afgezien daarvan hebben schelp-pteropoden een zeer dunne schelp die vatbaar is voor oceaanverzuring. Daarom gebruiken we ze als ‘kanaries in de kolenmijn’ om veranderingen in het oceaan ecosysteem vroeg op te sporen.
Tijdens haar PhD bestudeerde Le Qin de genetische variatie van pteropoden en hun schelpvormvariaties. Ze analyseerde de monsters die ze zelf verzamelde tijdens de expeditie, evenals andere monsters die de afgelopen jaren zijn verzameld. Haar doel was om te zien of er één grote of meerdere kleinere populaties pteropoden zijn.
Nieuwesoorten?
Le Qin ontrafelde een aantal interessante dingen over de structuur van de Atlantische Oceaan. In de Atlantische Oceaan, één groot waterbassin, kwam ze drie verschillende pteropod populaties tegen. De genoomanalyses toonde aan dat deze populaties niet met elkaar lijken te kruisen. ‘Misschien zou je deze populaties zelfs verschillende soorten kunnen noemen. Maar voorlopig weten we alleen wat hun verschillen zijn op genetisch niveau. We moeten nog veel meer pteropoden bestuderen en meer te weten komen over hun morfologische en ecologische verschillen om er zeker van te zijn dat het verschillende soorten zijn', legt ze uit.
Samen met een masterstudent werkt Le Qin aan een lopend onderzoek naar de genetische verschillen tussen meer exemplaren in de Atlantische Oceaan, waaronder jonge pteropoden. Ze willen uitzoeken of deze populaties inderdaad van elkaar gescheiden zijn, ondanks hun levensfase en jaren dat ze zijn verzameld.
Meer geheimenontrafelen
Vervolgonderzoek kan zich richten op de verschillen tussen deze pteropod populaties, waaronder hun schelpvorm, gedrag en ecologie. In de toekomst weten we hopelijk meer over pteropoden, hoe hun diversiteit is gestructureerd in de open oceaan, en of er barrières zijn die dit plankton kan zien, maar wij niet. Le Qin legt uit waarom dit relevant is: ‘Dit zou ons meer kunnen vertellen over hoe plankton verandert in de open oceaan, en dat is belangrijk voor soortvorming: het onderzoek naar het ontstaan van soorten en hoe ze in stand worden gehouden.’ Dit is cruciale informatie wanneer we pteropoden gebruiken als bio-indicatoren voor veranderingen in het ecosysteem van de oceaan. We willen verschillende soorten die zich aanpassen aan oceaan veranderingen kunnen vergelijken.
Een nieuweuitdaging
In april start Le Qin een nieuwe postdoc-positie in een lab in Sheffield. ‘Ik ga werken aan getijdenslakken en onderzoeken hoe ze zich in hun leefgebied aanpassen door middel van veranderingen in hun genoom. Deze veranderingen zijn chromosomale inversies, wat betekent dat sommige delen van het genoom zijn omgedraaid.’ Ze kijkt ernaar uit om de komende twee jaar aan dit nieuwe project te werken.
Meerinformatie
Le Qin Choo deed haar PhD bij de afdeling Plankton Diversiteit en Evolutie bij Naturalis, met Katja Peijnenburg als supervisor.