Thuis werken, op tientallen kilometers afstand van Naturalis en Universiteit Leiden, en dan tóch zorgen dat er binnen Leiden van alles gebeurt: Manon de Visser kan letterlijk ‘op afstand’ werken. Voor haar PhD, waar ze ongeveer een half jaar geleden mee begonnen is, werkt ze namelijk met een supercomputer waarmee ze vanaf haar eigen laptop verbinding kan maken. Ze vertelt over hoe zij effectief kan omgaan met de thuisisolatie.
'Als beginnend PhD’er komt de corona-crisis niet op een heel handig moment, maar ja, zoiets komt natuurlijk nooit gelegen. Ik heb het geluk dat ik nog maar net bezig ben, en dat ik onderzoek doe naar de code van DNA. Voor mijn project bekijk ik samen met mijn collega’s van het Wielstra lab een rare, genetische mutatie die te vinden is in sommige watersalamanders. Ik heb al wat oefendata beschikbaar. Als je verschillende stukken uit een ‘genoom’ – de DNA code van één organisme, zoals een dier of plant – bekijkt, dan werk je soms met heel veel, of juist met hele grote, bestanden. Daarvoor heb je een supercomputer nodig!'
Een supercomputer is eigenlijk een groep van heel veel sterke computers bij elkaar – die zo op elkaar zijn afgesteld en aangesloten dat ze samen één, krachtige supercomputer vormen. Daarmee kan je bijvoorbeeld data makkelijker manipuleren, of analyses veel sneller uitvoeren dan op je eigen werk pc of laptop thuis. Want hoe groot zijn die bestanden eigenlijk?
'Om een beeld te geven: de totale, genetische code van één mens zou te beschrijven zijn in een miljoen pagina’s, misschien wel zo’n 200 opeengestapelde telefoonboeken. Bedenk dan dat het genoom van salamanders zo’n tien keer groter is dan van mensen. Dat is dus een stapel van tweeduizend telefoonboeken! Als je dan óók nog eens tientallen tot honderden salamanders wilt bekijken voor je onderzoek – reken maar uit...'
Bekijk je dan de hele code van al die beestjes?
'Nee, we zijn nog lang niet op het punt dat we die totale code bekijken. Maar zelfs als je er slechts bepaalde stukjes uit wilt halen, leidt dat alsnog tot grote hoeveelheden aan data. Daar kan je niet altijd even makkelijk mee aan de slag op een simpele laptop. Wat dus heel handig is voor mij tijdens de thuis-isolatie, is dat ik gemakkelijk verbinding kan maken met een supercomputer vanuit mijn huis of bijvoorbeeld vanaf mijn balkon als het lekker weer is.'
De supercomputer waar Manon op werkt, heet ‘ALICE’ (niet op bovenstaande afbeelding) en is de nieuwste en krachtigste supercomputer die op dit moment binnen Leiden bestaat. Wiskundigen, natuurkundigen en medici zijn er al op actief, maar in ieder geval dus ook één biologe.
'Als je mensen vertelt dat je met supercomputers werkt, denken ze direct dat je een informaticus bent, of een IT’er. Als biologe ben ik dat natuurlijk helemaal niet! Maar ik heb wel de juiste basisvaardigheden opgedaan, bijvoorbeeld om in Linux met ‘computertaal’ de supercomputer te laten doen wat ik wil. Dat gebeurt altijd op afstand – men werkt dus nooit fysiek achter zo een computer. Dat is wel een voordeel voor mij tijdens deze corona-crisis. Ik kan mijn tijd zo nuttig indelen.'
Vindt Manon het dan niet vervelend, die crisis?
'Natuurlijk wel. Ik zal, om mijn onderzoek goed uit te kunnen voeren, toch experimenten moeten gaan doen in de laboratoria van Naturalis. Het DNA moet namelijk eerst geïsoleerd en onderzocht worden, voordat het ‘uitgelezen’ kan worden als een code. Dat wil zeggen dat als ik te lang thuis zou moeten zitten, dat ook ik de vertraging meer zal gaan merken – maar daar is nu gelukkig geen sprake van. Wel had ik natuurlijk naast het labwerk, zoals veel wetenschappers, ook allerlei andere activiteiten in de agenda gepland staan, zoals cursussen, veldwerk en congressen. Dat kan helaas allemaal niet doorgaan nu.'
Toch klinkt de hele dag achter de computer werken niet echt uitdagend...
'Het is niet even spannend om continu op de computer te werken, dat klopt. Maar voor nu kan ik de tijd goed gebruiken om te zorgen dat ik later, als ik weer in het lab sta en ik mijn eerste data verzameld heb, mezelf weer wat tijd kan besparen. En hoe leuk ik het ook vind om in het veld of in het lab te staan, ik weet dat ik mij juist ook prima ‘thuis’ voel achter een bureau – misschien wel meer dan de gemiddelde wetenschapper. Dat is altijd al zo geweest voor mij.'
Meer weten over waar Manon de Visser zich mee bezig houdt? Zie haar profielpagina.