Ik ben evolutiebioloog, met een achtergrond in de moleculaire biologie, bio-informatica en biomineralisatie. Marine biodiversiteit fascineert mij; ik heb evolutionaire processen in weekdieren, koralen en bacteriën bestudeerd. In het kader van mijn Marie SKlodowska-Curie project EPIC (Evolution of planktonic gastropod calcification) bestudeer ik de evolutie en mechanismen van biomineralisatie in planktonslakken en de wijze waarop deze dieren omgaan met de verzuring van de oceaan.
Keywords
Bio-informatica, biomineralisatie, moleculaire evolutie, macro-evolutie, generatie-opvolging, aanpassing, oceaanverzuring, weekdieren, RNA, eiwitten.
Onderzoekinteresses
Biomineralisatie in planktonslakken
Planktonische slakken (pteropoden en heteropoden) behoren tot de meest vatbare, kalk-aanmakende soorten als het gaat om oceaanverzuring. Ze leven aan het wateroppervlak en bouwen dunne, kwetsbare schelpen van aragoniet, een variant van calciumcarbonaat. Mijn onderzoek focust zich op de genen die verantwoordelijk zijn voor de biomineralisatie en op mechanismen die de schelp-opbouw reguleren, met als doel de calcium-kringloop van zoöplankton beter te begrijpen en te ontdekken welke invloed oceaanverzuring op dit proces heeft.
Belangrijkepublicaties
Ramos-Silva P, Serrano M, Henriques AO. 2019. From Root to Tips: Sporulation Evolution and Specialization in Bacillus subtilis and the Intestinal Pathogen Clostridioides difficile. Molecular Biology and Evolution 36:2714–2736.
Ramos-Silva P, Kaandorp J, Herbst F, Plasseraud L, Alcaraz G, Stern C, Corneillat M, Guichard N, Durlet C, Luquet G, Marin F. 2014. The Skeleton of the Staghorn Coral Acropora millepora: Molecular and Structural Characterization. PLoS One 9:e97454.
Ramos-Silva P, Kaandorp J, Huisman L, Marie B, Zanella-Cléon I, Guichard N, Miller DJ, Marin F. 2013. The Skeletal Proteome of the Coral Acropora millepora: The Evolution of Calcification by Co-Option and Domain Shuffling. Molecular Biology and Evolution 30:2099–2112.
Ramos-Silva P, Marin F, Kaandorp J, Marie B. 2013. Biomineralization toolkit: The importance of sample cleaning prior to the characterization of biomineral proteomes. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 110:E2144–E2146.
Ramos-Silva P, Benhamada S, Le Roy N, Marie B, Guichard N, Zanella-Cléon I, Plasseraud L, Corneillat M, Alcaraz G, Kaandorp J, Marin F. 2012. Novel Molluskan Biomineralization Proteins Retrieved from Proteomics: A Case Study with Upsalin. ChemBioChem 13:1067–1078.
All publications on Google Scholar
Onderwijsactiviteiten
- Supervisor van M.L. Odendaal, MSc-student biologie, Wageningen University & Research
Transcriptome reacties van jonge versus oudere zeeslaksoorten (Atlanta ariejansseni) onder vroegere, huidige en toekomstige pH-omstandigheden (mei-nov. 2020) - Supervisor van J. Smith, MSc-student biologie, Universiteit Leiden
Onderzoek aan snel ontwikkelende genen in zeeslaksoorten (jan.-juni 2019) - Docent computationele biologie en bio-informatica, Tirana wiskunde-bio workshop in Albanië (okt. 2018)
- Onderwijsassistent onderzoek in bio-informatica, Universiteit van Lissabon, Portugal (juni 2015, 2016)
- Onderwijs toegepaste genetica, University of the Nouvelle Grand’Anse, Haïti (jan.-feb. 2014, 2015)
